Il Museo di Storia Naturale fu costituito nel 1771 per merito di Lazzaro Spallanzani (1729-1799), gesuita e naturalisa italiano.
La sede del Museo, situata per 150 anni nel prestigioso Palazzo Centrale dell'Università, conta numerosi materiali di grande valore, donazioni e raccolte personali.
Dopo la morte di Spallanzani il Museo ha mantenuto la sua fama e la popolarità in tutta Europa.
Le collezioni esposte comprendono alcuni esemplari di epoca spallanzaniana: un tursiope del 1781, un ippopotamo del 1783, un coccodrillo donato nel 1782, uno squalo acquistato nel 1790, un giovane orangutan arrivato nel 1786 e una mandibola di balena di Groenlandia, giunta da Vienna nel 1793.